التصور والوصول المحدود: قد يكون تحقيق رؤية واضحة للجهاز الهضمي بأكمله أمرًا صعبًا بسبب وجود طيات ومنعطفات وميزات تشريحية أخرى.
التزام المريض والتوتر: قد لا تتعاون الحيوانات، وخاصة تلك التي تعاني من الضيق أو الألم، أثناء الإجراءات التنظيرية. وقد يؤدي عدم الالتزام هذا إلى زيادة صعوبة الإجراء، مما قد يتطلب التخدير أو التهدئة.
اكتشاف الآفات الدقيقة: قد يكون تحديد الآفات الصغيرة أو في مرحلة مبكرة، مثل الأورام الدقيقة، أو القرح، أو مناطق الالتهاب، أمرًا صعبًا.
استرجاع الأجسام الغريبة: تعتبر الأجسام الغريبة المبتلعة مشكلة شائعة في الممارسة البيطرية. يتطلب استرجاع هذه الأجسام من الجهاز الهضمي الدقة والعناية لتجنب التسبب في إصابة أو مضاعفات إضافية.
القيود الفنية: قد تكون فعالية التنظير الهضمي محدودة بسبب المعدات المتاحة. لذا فإن المناظير عالية الجودة والمرنة ذات قدرات التصوير المتقدمة ضرورية.
التكلفة وإمكانية الوصول: يمكن أن تكون تكلفة المعدات والإجراءات التنظيرية مرتفعة، مما قد يحد من الوصول إلى خيارات التشخيص والعلاج المتقدمة لبعض المرضى والممارسات.